Program Magister Akuntansi yang ditawarkan oleh FEB Unika Soegijapranata merupakan program S2 Akuntansi yang menitikberatkan pada bidang akuntansi terapan (applied accounting). Sehingga lebih memberikan bobot yang utama pada kajian kasus-kasus dan dinamika akuntansi terkini (current issue in accounting), serta mengkaitkannya dengan standar-standar profesi terkait bidang akuntansi yang ada. Dengan demikian Program Studi Maksi FEB Unika Soegijapranata akan mampu berkorelasi dengan best practice yang ada di dunia profesional.

Program S2 Akuntansi FEB Unika Soegijapranata memiliki Program Fast Track (S1-S2 Akuntansi). Mahasiswa Fast-Track merupakan mahasiswa yang telah selesai perkuliahan S1 Akuntansi tinggal menyelesaikan Skripsi dalam 1 semester, namun dia dapat mengikuti perkuliahan S2 Akuntansi pada weekends (Jumat & Sabtu). Program S2 Akuntansi FEB juga memasukkan program sertifikasi untuk diambil mahasiswanya, yakni salah satu dari 2 jenis program sertifikasi profesi bidang akuntansi yang saat ini telah menjalin kerjasama dengan FEB Unika Soegijapranata, yaitu sertifikasi Certified Public Accountant (CPA) dari Institut Akuntan Publik Indonesia atau Certified Professional Management Accountant (CPMA) dari Ikatan Akuntan Manajemen Indonesia (IAMI).

Pada tahun 2018, Program Magister Akuntansi FEB Unika Soegijapranata pun melakukan kerjasama dengan Providance University Taiwan untuk program Dual Degree (M.Ak. & MBA). Mahasiswa mengikuti perkuliahan di Magister Akuntansi FEB selama 2 atau 3 semester dan 1 semester ada di Providance University Taiwan. Tahun 2019 dan 2020, Magister Akuntansi FEB telah meluluskan 4 mahasiswa yang mengikuti program Fast Track dan Dual Degree, serta mereka juga ada yang telah lulus ujian sertifikasi CPA.

Pada tahun 2020 ini, Program Magister Akuntansi FEB Unika Soegijapranata juga menjajaki kerjasama dengan Universiti  Putra Malaysia (UPM) Malaysia. dan telah menandatangai juga Letter of Intend (LoI) tentang kolaborasi akademi, mini kolokium, publikasi, dan presentasi hasil penelitian para dosen dan mahasiswa di Putra Business School (PBS) Malaysia. Semoga tahap MoU antar U2U dapat dilakukan dalam waktu dekat ini.